Ubatuba, muito conhecida por suas belezas naturais, também foi palco de momentos marcantes da história brasileira.

     Enquanto isso, o padre Manoel da Nóbrega voltava a São Vicente para finalizar o tratado denominado "Paz de Iperoig", que seria firmado em 14 de setembro de 1563. Foi nessa época que Anchieta escreveu o Poema à Virgem na praia de Iperoig, constituído de 5.732 versos.
     Passados alguns anos, o governador-geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sá e Benevides, tornou providências para colonizar a região, tendo enviado os primeiros moradores para garantir a posse da terra para a Coroa Portuguesa. O povoado conseguiu sua emancipação político-administrativa e foi elevado à categoria de vila em 28/10/1637, com o nome de Vila Nova da Exaltação da Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albernaz Homem da Costa.
     Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte. Todavia, com o surgimento da economia do ouro, a região do Litoral Norte se transformou em produtora de aguardente e açúcar para o abastecimento das áreas de Minas Gerais que experimentava um novo surto de progresso. O povoado de Ubatuba deixou de ter apenas a agricultura de subsistência, passando a uma agricultura comercial que incluía, além da aguardente e açúcar, fumo, anil e produção de peixe salgado.
     Em 1787, o presidente da Província de São Paulo, Bernardo José de Moura, decretou que todas as embarcações do litoral seriam obrigadas a se dirigir ao porto de Santos, cujos custos eram mais baixos. A partir dessa pressão do governo, Ubatuba entrou em franca decadência e muitos produtores abandonaram os canaviais, os que ficaram passaram a cultivar apenas o necessário para a subsistência. 
     A situação só melhorou a partir de 1808, com a abertura dos portos, pois a família Real Portuguesa fugindo das tropas napoleônicas, transferiu-se para o Brasil decretando a "Abertura dos Portos às Nações Amigas" em 28 de janeiro de 1808. A medida beneficiou diretamente a então vila. O comércio ganhou impulso com o café, inicialmente sendo cultivado no próprio município e enviado para o Rio de Janeiro. O café se expandiu para todo o Vale do Paraíba e Ubatuba passou a ser o grande porto exportador. A vila passou, em 1855, a categoria de cidade. Novas ruas foram abertas, o urbanismo, no sentido moderno alcançou o município. São criados o cemitério, novas igrejas, um teatro, chafariz com água encanada, mercado municipal e novas construções para abrigar a elite local, dentre as quais a casa nova de Manoel Baltazar da Costa Fortes, hoje sede da Fundação de Arte e Cultura de Ubatuba- Fundart. Hoje a maioria é lembrada apenas pela presença de ruínas ou pelo nome dado as praias como Lagoinha, Maranduba, Ubatumirim e Picinguaba.
     A vila passa a contar ainda com uma estrada calçada com pedras para sustentar o tráfego de mulas carregadas com mercadorias, estreitando a ligação comercial com Taubaté.
     A construção da ferrovia Santos-Jundiaí à decadência do Vale do Paraíba, que perdeu mercado para a maior produtividade da lavoura de café do Oeste- Paulista (região de Campinas), determinaram o isolamento econômico da região e, em conseqüência, de Ubatuba.
     A tentativa de construir uma ferrovia entre Taubaté e Ubatuba foi vista com muita esperança, sendo importados trilhos da Inglaterra. Porém durante o governo do presidente Floriano Peixoto foi suspensa a garantia de juros sobre o valor do material importado, provocando a falência do Banco Popular de Taubaté e, em conseqüência, da companhia construtora.
     A estrada praticamente desapareceu e o tráfego marítimo foi reduzido a escala de apenas um navio a cada dez dias na linha Santos-Rio de Janeiro.
     Depois de um longo período, após a revolução Constitucionalista de 1932, com o objetivo de integrar a região cujo isolamento ficou patente no conflito, o Governo Estadual promoveu melhorias na rodovia Taubaté-Ubatuba, passando a cidade a contar com uma ligação permanente com o Vale do Paraíba. Aos poucos, a cidade começa a desenvolver a sua vocação turística, recebendo um impulso decisivo nesse setor, em 1972, com a construção da rodovia BR-101, (Rio Santos).

HINO DE UBATUBA

UBATUBA, SIM!
 UBATUBA, Sim, Sim, Sim!
ela tem lindas praias de areia dourada!
Ubatuba, sim, sim, sim!
Viver no Perequê, no Itaguá, na Enseada!
Ubatuba, sim, sim, sim!
Horizontes de mar e de montes sem fim
seu céu estrelado
de azul anilado
suas matas, seus rios,
seu Povo abençoado!
Eu amo Ubatuba
assim como ela é
sozinha, isolada,
Só com sua Fé.
Conquanto ela suba
ao progresso que vem,
que fique guardada
com tudo quanto tem!
UBATUBA, sim, sim, sim!
ela tem lindas praias de areia dourada!
Ubatuba, sim, sim, sim!
Da PICINGUABA extrema até a MARANDUBA
Ubatuba, sim, sim, sim!
Horizontes de mar e de montes sem fim
E o céu estrelado
De azul anilado
Da "TERRA ENCANTADA"
que a nossa alma derruba!

BANDEIRA E BRASÃO DE UBATUBA